ファビコンを作るソフトもいろいろあるけれど、背景を透過したい時にきれいに作ってくれるPhotoshopのプラグインがありました。 これを使うと、Photoshopの保存形式に、「.ico」が増えるので作り方も簡単です。 詳しくはこちらを参考にさせていただきました。 Photoshop で背景透過の美しい favicon (ファビコン) を作成する